企业矩阵式项目管理模式的落地建设，基础是要破除传统职能式项目管理的习惯，建立良好的以项目为中心，职能部门为基础的团队协作、顺畅沟通的企业文化。通过组织结构优化、管理制度建设、管理能力培养等方式注意消除和减少矩阵式项目管理下突出的冲突和问题：
矩阵式项目管理在沟通协调量大、管理人员和执行人员沟通能力要求高的问题；
项目经理和职能经理，项目经理与项目经理之间的项目计划安排，资源调配方面的冲突；
项目成员双重领导，双重汇报引起的无所适从、管理真空问题；
绩效考核不配套引起的职能部门和项目团队配合问题，项目成员“临时”观念强烈，项目经理难以管控等问题。
减少沟通工作量、提高沟通效率
矩阵式项目管理模式下，传统的职能管理线依然存在，又增加了横跨各个职能部门的项目管理线，出现很多项目经理，这样在高层领导和职能部门经理支持决策项目时需面对多个不同情况的项目，多个不同行为方式的项目经理。
同时项目经理在管理项目成员时，除了与项目成员之间存在广泛的沟通需求，也与项目成员的来源部门在项目的进度安排，质量审核，资源调配都方面存在沟通协调。
大量的沟通工作一方面对参与项目工作的所有人员沟通的时效、沟通的质量、沟通的能力提出了很高的要求，另一方面因为沟通不足或效果不好也造成了资源安排不合理、进度计划延迟、质量事故频发等管理问题。
1.梳理和建立标准、规范的项目工作流程
项目工作流程包括项目的启动、策划、实施、收尾等管理流程，也包括项目成员、设备调配、技术质量的支持流程，以及对项目变更、进度、质量、成本、风险等控制流程。涉及人员不仅包括项目经理、项目成员，也包括职能经理和企业高层决策者。
企业需根据自己的实际情况，梳理和建立标准、规范的工作流程、程序。通过详细的工作分解和责任分工明确项目工作中有哪些事、谁来做、怎么做，让项目经理、项目成员、职能经理参与项目工作动作整齐划一，尽量减少“人治”的因素，从制度上减少在工作的纠缠不清而引起的不必要沟通。这些流程一方面对项目团队和职能部门提供指导，让他们知道做什么、怎么做，另一方面也对他们行为进行约束，使他们不能随意提出要求和拒绝配合，对正常工作造成冲击。这样使项目经理与职能经理按照各自的“行为规范”进行工作，不必要总是靠人沟通协商才能推进项目工作。
2.提高职能部门支持能力和决策能力
首先，矩阵项目管理模式并没有破坏原有的职能组织结构，职能部门对于自己职责范围中的工作依然有必要的支持和决策能力。不能因为成立了项目团队，项目中的任务事情就属于项目经理管理和决策。职能部门在矩阵项目管理模式下，作为项目的人才培养中心、技术质量审核中心，必须“先职能化再矩阵化”，加强部门内部标准规范、技术指南等基础建设。
职能部门基础建设的好坏直接影响专业人员的技术技能和工作质量，影响项目的水平、质量和效益。职能部门的技术基础工作不系统，没有健全的标准规范管理制度，没有进行项目的经验教训总结，就不能对派出的项目成员提供技术保障和支持，使他们在项目中工作方式各行其是，质量参差不齐。
其次，职能部门在项目工作中，职能部门对派出的项目成员负有对他们工作工程的指导和监督责任，不能认为“只要项目经理不叫，专业工作就没有问题”。特别是在矩阵项目管理模式下，项目成员的工作地点往往没有改变，职能部门对成员的工作过程进行很好的监督，可以减少大量工作进度、工作质量引发的沟通需求。
另外，职能部门必须要对派出成员的项目一般问题和本部门负责的技术质量审核有决策能力，可以及时解决成员的工作问题，推进项目正常进行，这样避免了项目经理和高层领导参与到一般事务的沟通决策。
3. 提高项目成员独立工作能力
在传统职能式项目管理模式下，项目成员习惯在职能经理的指导和监督下开展项目工作。矩阵式项目管理下，管理他们的责任主体转移到横跨多个部门的项目经理，而且项目经理对他们工作的指导和监督减弱，需要他们独立自主的代表本专业参与项目工作。往往项目成员不敢在自己职责内的事情下决定,还需要请教自己的职能部门经理和项目经理。这样既增加了他们与项目经理、职能经理的沟通工作，甚至引起项目经理和职能经理的决策冲突。
4.减少团队管理幅度
对于参与专业多，项目成员多的项目，可以考虑多个成员编成小组进行管理，同时相关的几个专业在项目内合并为一个专业负责人，这样来减少项目经理和专业负责人的管理幅度，一方面减少了他们沟通的对象，另一方面将沟通范围缩小，提高了沟通质量。
5.建设项目信息系统
矩阵项目管理模式一度受到企业的质疑和冷落的原因就是项目信息在各部门间传递量太多，项目管理人员对各部门各成员的项目工作监控乏力，进而引发了大量的沟通工作。
建设和运用以现代通信技术为基础的项目信息系统，将项目的所有管理人员和执行人员，项目的全过程纳入进来，让沟通工作在矩阵结构中及时、便捷、顺畅。项目信息系统可以一方面增加项目工作的透明度，项目成员相互了解计划情况、实际进展情况、资源使用情况，促进了成员间的相互配合，另一方面使项目中的变更、冲突、矛盾及时反映出来，便于提前沟通解决。
6.培养沟通能力、建设沟通文化
项目成员在项目工作中要保持良好的沟通能力，及时、有效、准确地进行项目沟通。对重要的项目协调岗位进行专门的沟通培训。
平衡资源争夺和决策资源安排
矩阵式项目管理模式下企业内部的项目经理为了达成自己的项目目标，一方面争夺公司内部的优质资源、稀缺资源，另一方面增加资源数量和延长资源使用时间。这就造成了企业出现资源的计划和使用混乱，具体变现为：
优质资源、稀缺资源不一定应用到重大项目中；
部分项目长期占有大量资源，造成资源闲置；
部分项目无法获得足够资源，资源短缺造成项目延期；
项目资源配置项目经理和职能经理冲突严重
1. 明确项目分类分级、资源分类分级
首先，需确定“什么样的项目优先使用什么样的资源”，确保重要项目优先使用到优质资源，确保项目成功。这就需要对项目通过合同额大小，管理难以程度、业主重要程度等方面进行的明确分类分级，同时将企业内部的人力资源进行分级或提出设置各种岗位的任职资格。这样来达到项目和资源的平衡，避免因为项目经理的个人能力左右资源的配置，引发对项目资源的争夺和混乱。
2.增强项目经理资源策划能力
避免资源的争夺，必须要提高项目经理资源策划能力，在项目策划阶段对项目资源的使用数量和时间进行明确。良好的资源策划能力一方面可以缓解项目经理对资源使用的无意义的恐慌，抢夺资源，另一方面是项目管理部门和职能部门按计划提前进行资源调配，避免临时提出的资源需求对其他项目造成冲击，引发资源冲突。
3.规范资源使用程序
一些企业的资源使用往往通过项目经理和职能经理之间的直接协商，没有从制度上对资源的使用程序进行约束，造成多个项目同时进行时，项目经理获得资源的多少、好坏全凭个人能力的大小。同时，在项目工作和职能工作资源使用的冲突时，以及由于项目变化发生的临时资源需求时，职能部门处于自身的角度立场考虑，以各种各样的借口拒绝配合项目经理的资源请求。所以，必须规范资源使用程序，包括资源使用的数量、时间的确定，资源增加申请，资源变更的审批，建立起资源使用的法制环境。
4. 建设强有力的PMO
建设具有企业多项目计划统筹和资源调配的PMO，从增加企业资源效益的角度出发，统筹所有项目的计划安排，合理配置项目资源。同时决策项目经理与项目经理间对资源的争夺，决策项目经理和职能经理间对资源数量、使用时间的冲突。
改善双重领导，双重汇报
矩阵式项目管理下，项目成员并未像项目式管理那样脱离原来的职能部门，成员在项目过程中接受项目经理和职能经理的同时领导，在项目过程中出现的问题有时也需要同时向他们汇报。往往成员习惯职能经理的领导，当成员参与多个项目时，一方面是成员对双重领导、双重汇报无所适从，疲于应付；另一方面又存在项目经理和职能经理都无法有效管理的“管理真空”。
1.明确决策权、审批权
双重领导的无所适从产生的主要原因是项目问题决策权、审批权的不明确，造成项目成员在工作中的汇报对象、决策对象不明确而双重汇报。
应建立制度对项目过程中需要决策，需要审批的事务进行明确分工，项目成员的哪些工作属于项目经理管理，哪些写属于职能经理管理，哪些直接由职能经理决策即可，哪些必须要提交项目经理决策。这样项目成员虽然同时接受他们的领导，但他们管理成员工作的类型不同，层级也不同，这样成员就有了清晰的汇报对象，减少了困惑。
2. 转变项目成员工作习惯
项目成员参与多个项目在矩阵式项目管理模式下是常态，他们既要面向项目对自己工作的进度负责。也要代表职能部门对自己的工作质量负责。项目成员必须根据自己参与的多个项目运行情况，以及职能部门的工作安排情况，主动、合理的计划自己的工作。
优化绩效考核
绩效考核涉及到职能部门、项目团队、团队成员的工作“指挥棒”，考核什么他们就关心什么，绩效考核的设置直接影响到职能部门和项目团队的配合，影响职能部门和项目团队对成员的管理能力。
1.职能部门与项目团队考核
促进职能部门与项目团队之间的配合，除了持续培养企业“以项目为中心”的团队合作文化，更重要的是通过相互的绩效考核来制度化促进。
首先，职能部门可以对项目团队从计划安排执行性、资源使用合理性等方面进行考核，让项目团队在使用部门资源时不能随意，对职能部门正常的工作安排造成影响；其次，项目团队可以对职能部门在工作的配合度、支持服务的满意度方面进行考核，减少职能部门在项目工作中以各种理由不支持、不配合，造成项目推进困难。
2.团队成员考核
矩阵式项目管理下，项目部成员来自不同部门，隶属关系仍在原职能部门，只是为“会战”而来，项目结束后也回归原部门。同时矩阵下项目成员的工作具有复杂性，与职能部门下各成员工作内容高度相似的特点不同。
在企业内部没有建立起良好的项目绩效考核制度，项目经理无法对项目成员在项目内部的表现进行激励和奖惩，导致项目经理对成员缺乏约束力，无法有效控制项目成员在项目中的工作质量。相反的，如果项目经理的考核权力大大超过职能经理的考核权力，或者团队成员的绩效考核、工资奖金由项目工作决定，则他们更愿意参加项目工作，进而引发职能部门对项目成员技术培养、工作支持、监督的积极性减弱，甚至产生放羊现象。
所以，在团队成员的绩效考核时，既要体现项目工作的重要性，通过绩效考核加强项目经理对成员的管理，缓解项目经理责大权小的情况，也要平衡好职能经理对成员的管理热情。
企业可以将项目成员的考核指标上在职能部门和项目团队间进行分解，明确项目考什么，部门考什么，同时针对不同岗位在职能部门和项目团地间设置不同的考核比例，针对性的平衡成员考核。